Der Gebäudekomplex des Klinikums Deggendorf besteht aus einem 5-geschossigen T-förmigen Pflegegebäude und einem 3-geschossigen Sockelgeschoss mit Untersuchungs- und Behandlungsräumen, Technik und Versorgungsflächen. Zusätzlich wurde das Gebäude durch neuere Anbauten für Krankenpflegeschule, Dialysezentrum und medizinische Klinik erweitert. Der Neubau der Neonatologie ist als Aufstockung des nördlich gerichteten Pflegetrakts im 6. Obergeschoss direkt über der Entbindungsstation geplant. Die bestehende Neonatologie wird um vier Betten, auf zwölf Betten erweitert. Teilweise erhalten die Zimmer Übernachtungsmöglichkeiten mit kleinen Nasszellen für die Eltern. Drei Zimmer werden durch vorgelagerte Schleusen als Isolierzimmer vorgesehen.
Weitere strukturelle Verbesserungen werden durch das größere Platzangebot Funktions- und Nebenräume erzielt. Die beiden bestehenden Treppenhäuser werden an die neuen Geschosshöhen angepasst.
Der Aufzugskern an der mittigen Treppe wird um ein Stockwerk erhöht. Die Aufzüge erhalten eine Vorrangschaltung für die Verbindung der Neonatologie zur Entbindungsebene.